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百式に於いて不明だったカメラアイは、この機体ではデュアルアイとして確認される。また背面のフレキシブルバインダーはウイングバインダーに変更された。固定武装として頭部にパルスレーザー、肩部にビームガン及びガトリングガンを新たに装備し、火力・オプション兵装ともに充実している。近年では肩部にパルスレーザー、携行武器としてビームガトリングガンを持つとする設定も多い。ちなみに、肩にはちゃんと「百改」と書かれている。型式番号は当初MSR-100S（MSR-00100S）とされていたが、一部にMSR-100やMSN-100Sとする表記も見受けられた。元々量産型百式改と変わらない番号だったため、近年ではMSR-100とする表記が増えている。「百一式」という名称で『機動戦士ガンダムΖΖ』に登場する予定だったが、結局元の百式が登場する事になったとする話もある。頭部デザインはΖガンダムの没案ラフに酷似している。
劇中での活躍
ゲームブック『シャアの帰還』では、宇宙世紀0090年の段階で連邦地上軍と編成されて間もない頃のロンド・ベルにそれぞれ配備されている。この時点でのロンド・ベル旗艦はエゥーゴから引き継がれたネェル・アーガマが就役していたが、そこに一機が搭載されていた。ストーリーの進行次第ではシャアがこの機体を奪取し搭乗する展開が用意されている。なお、配備状況からして後述する量産型百式改だった可能性も高いが、作中の表記は百式改である事と、パルスレーザーを装備していた事などからこの項で紹介した。
近藤和久の漫画『サイドストーリー・オブ・ガンダム・ゼータ』では、ティターンズにて中隊長を務めるシャアがこの機体を駆ってジオン残党狩りを行なっている。なお、本作は『Z』のアナザーストーリーであり、アニメ版とは若干異なる勢力構図と物語が展開されている。
フルアーマー百式改
バンダイの雑誌『SDクラブ』に連載された『大河原邦男コレクション』 (M-MSV) 及び漫画『シークレットフォーミュラ フルアーマー百式改』、『機動戦士ガンダムZZ 悪夢の戦場』に登場するMSである。百式改に増加装甲を装備した機体。（型式番号:FA-100S）
機体解説
火力は高いが運動性がやや低下している。固定武装として新たにメガ粒子砲、炸裂ボルトを装備。肩に増加装甲がついたため、胸部から肩に向けてついている放熱板に「百改」と書かれている。
劇中での活躍
漫画『シークレットフォーミュラ』作中では月面の工業都市イプシロンのアナハイム第38工場にて調整され、同じくイプシロンで建造されていたアイリッシュ級戦艦クークスタウンの竣工に合わせて配備される予定だった。情報漏洩により宇宙世紀0087年11月22日に予定されていた就役が20日に前倒しになるが、同日、イプシロン内の別工場で調整されていたティターンズ特務部隊所属の量産型サイコガンダムによって第38工場が襲撃に遭い、クークスタウンから派遣されたリック・ディアスと共に損傷してしまう。その後、応急処置が施され、別の場所で量産型サイコガンダムに襲撃されていたクークスタウンを救援に向かい、辛くも撃破した。パイロットはクークスタウン所属のクリフ・フレミング中尉。また、これと同一の機体だったかは断定できないが、『悪夢の戦場』では翌年に月の裏側でテストを行っていた姿が描かれている。同機は飛行中に行方不明となるが、その後所属不明のプロトタイプサイコガンダムによる無人コントロール下に置かれ姿を現し、同様にテスト飛行を行っていたプロトタイプΖΖガンダムと交戦した。
量産型百式改
『Ζ-MSV』に登場するMSである。（型式番号:MSR-100S （MSR-00100S））
機体解説
百式改の量産型。固定武装とウイングバインダーは廃止され、武装も標準的なものに変更された。実はバンダイの完成済みキット「ハイコンプリートモデル百式」を再発売した際に売れ残ったため、「百式改」の頭部と肩部をB-CLUBのガレージキットとして前述のHCMとセット販売を目的に販売され、それを元に設定された機体である。
陸戦用百式改
『大河原邦男コレクション』 (M-MSV) に登場するMSである。（型式番号:MSK-100S）
機体解説
カラバ所属のMSで、百式改を陸戦用に換装したもの。各所に防塵、防湿処理がなされ、森林や市街地などの他に短時間であれば水中でも運用が可能だったという。なお、金色ではなくグリーン系の塗装が施されている。
劇中での活躍
森田崇の漫画『機動戦士ガンダムΖΖ外伝 ジオンの幻陽』では、宇宙世紀0088年8月、ネオ・ジオンによる地球侵攻作戦において北米ニューヤーク基地防衛に使用された。なお、この機体はオプション武装の3連ミサイルポッドとビームキャノンを装備した重装型タイプである。パイロットはスパルナ・キャリバン大尉。
エプシィガンダム
月刊モデルグラフィックス別冊『GUNDAM WARS PROJECT Z』に登場するMS。（型式番号不詳）
機体解説
百式同様の可変試作機のフレームを新型推進システム開発用の素体として転用したMS。ロールアウトは百式と前後し、ε（エプシロン）ガンダムとして承認され、やはり非可変の機体として調整されている。外観的特徴に百式との共通点が多く、いわば兄弟機とも言える機体である。装甲材にガンダリウムεを採用している。詳細はεガンダムを参照。
忍者百式
機体諸元 忍者百式
型式番号 JF-100(TYPE-M)
所属 木星海賊
全高 19.2m
本体重量 33.6t
全備重量 72.6t
ジェネレーター出力 4,860kw
武装 クサリガマ「フウマ」
ツインビームサーベル「ヴァジュラ」
リアクティブ=クロウ
『SD戦国伝』シリーズとは別に、宇宙世紀の世界観上で展開された雑誌『コミックボンボン』のオリジナルストーリー『プロジェクトMUSHA』（1989年6月号掲載）に登場するMSである。（型式番号:JF-100(TYPE-M)）
機体解説
木星の宇宙海賊掃討を目的として始動した連邦軍の「プロジェクトMUSHA」の機体群（武者νガンダム、武者ZZガンダム）に対抗すべく、宇宙海賊側がアナハイムのデータをもとに百式改を母体にして開発した機体である。偵察や破壊活動を専門に行う隠密行動用の機体である。超小型ジェネレーターを内蔵したダミーを6基装備し、ミノフスキー粒子の散布と併用することで「分身の術」を行う。この他、ハンブラビの装備「海ヘビ」を改良した鎖鎌状の装備「フウマ」などを武器として使用。
[ヘルプ]
^ 『機動戦士ガンダム 0083』にてガンダム試作一号機が相手のビームサーベルの剣戟をビームライフルで受け止めている（俗に「十手サーベル」と呼ばれる）描写により、ビームライフルの先にビームを固定展開する技術は『機動戦士Zガンダム』（0087年）以前に技術として確立している事となった。
関連項目
アナハイム・エレクトロニクス
Ζ計画
エゥーゴ
アカツキ - 『機動戦士ガンダムSEED DESTINY』に登場するMS。耐ビーム特性を持つ金色の塗装や機体に描かれた漢字など、本機との共通点が多い。
100s - 中村一義が在籍する日本のロックバンド。本機を名前の由来とし結成当時は「百式」の表記だったが、のちに読みはそのままに現在の表記に改名。
2丁拳銃 - 吉本興業所属の漫才師。彼らの単独公演「百式」は「100分間ノンストップ漫才ライブ」の意味と、本機に肖ったものである事を公言している。